改造などで環境をいじりすぎて直らなくなった場合に、ハードディスクの内容をパーティションを含めてすべて初期化する方法がうまくいったので参考にさせていただいたURLを掲載します。
ちなみにこれをやる前に変になったハードディスク全体をフォーマットして消しておいた方が良いです。
ブート領域にデータがあると優先度の関係でそこからブートしてしまってTFTPブートできないので。
BUFFALO LinkStation LS-LGL の初期化
こちらに書かれているやり方でばっちり購入時の状態に戻せました。
これでいくらでもいじることができます。感謝。